Zinzendorf xuất thân từ một trong những dòng dõi quý tộc lâu đời nhất ở vùng đông bắc nước Áo. Họ sở hữu nhiều lãnh địa trong vùng Wachau thuộc thung lũng sông Danube. Nhiều thành viên của dòng tộc giữ những vị trí quan trọng trong triều đình. Khi bùng nổ cuộc Cải cách Kháng Cách, họ trở thành tín hữu Lutheran.

Trong số các tổ phụ của Zinzendorf có Hoàng đế Maximillian I. Ông cố của Zinzendorf được tấn phong công tước của Đế chế. Con trai của công tước, Maximillian von Zizendorf, quyết định bán gia sản ở Áo để di cư đến Franconia vì không muốn bị ép buộc cải đạo sang Công giáo. Con cháu ông phục vụ Tuyển đế hầu Brandenburg và Tuyển đế hầu Saxony. Vào thời điểm Zinzendorf chào đời, cha ông làm việc cho Tuyển đế hầu Saxon tại Dresden. Ông qua đời sáu tuần sau đó, đứa bé được gởi đến sống với bà ngoại và dì.

Cha mẹ Zinzendorf rất sùng đạo, Philipp Jakob Spener được mời làm cha đỡ đầu của cậu. Khi lên bốn, mẹ cậu tái hôn, cậu bé Zinzendorf ở dưới sự chăm sóc và giáo dục của bà ngoại, Henriette Catharina von Gersdorff, với niềm xác tín của một tín hữu Lutheran, bà đã định hình tính cách của cậu bé.

Năm 1716, Zinzendorf đến học luật tại Đại học Wittenberg, chuẩn bị cho sự nghiệp trong ngành ngoại giao. Ba năm sau, cậu được gởi đến Hà Lan, Pháp, và nhiều nơi ở Đức để gặp gỡ những nhân vật có uy tín trong các giáo hội. Khi trở về, cậu ghé thăm bà con họ hàng ở Oberbürg gần Nuremberg và tại Castell. Trong lần viếng thăm dài ngày ấy, Zinzendorf phải lòng cô em họ Theodora, nhưng mẹ cậu không đồng ý, sau này cô gái thành vợ của Công tước Henry XXIX của Reuss. Năm 1722, Zinzendorf kết hôn với Erdmuthe Dorothea, em gái của Công tước Reuss.